Կառավարման խորհուրդը Կոնսերվատորիայի կոլեգիալ կառավարման մարմինն է, որը գործում է հինգ տարի ժամկետով՝ բուհի կանոնադրությանը համապատասխան։

Այն կազմվում է ՀՀ Կրթության, գիտության, մշակույթի և սպորտի նախարարության, ինչպես նաև բուհին առնչող այլ պետական մարմինների ներկայացուցիչներից բաղկացած հիմնադիր և երաժշտական աշխարհի ականավոր գործիչներին ներառող լիազոր մարմիններից, ԵՊԿ պրոֆեսորադասախոսական կազմի, ուսանողության ընդհանուր թվով 24 ներկայացուցիչներից։ Խորհրդի կազմը հաստատում է Հայաստանի Հանրապետության վարչապետը:

Խորհուրդը լիազորված է հաստատել ԵՊԿ-ի բյուջեն և ռազմավարական ծրագրերը, Կոնսերվատորիայի գործունեության տարեկան հաշվետվության լսումը և գնահատումը, ռեկտորի ընտրությունը, բուհի կանոնադրությունը և իր կանոնադրությամբ սահմանված այլ գործառույթներ:

Խորհրդի նիստերը հրավիրվում են տարին երկու անգամ՝ ուսումնական տարվա յուրաքանչյուր կիսամյակի ավարտին: Դրա ժամանակ ընդունված որոշումները կենսագործվում են ԵՊԿ ռեկտորի հրամաններով։