ԵՊԿ ռեկտորատը ռեկտորին կից խորհրդակցական մարմին է, որն իր կանոնակարգով սահմանված լիազորությունների շրջանակում շաբաթը մեկ անգամ քննարկում է ԵՊԿ գործունեությանը, ուսումնական ընթացակարգերին վերաբերվող հարցեր: Ռեկտորատը գլխավորում է ԵՊԿ ռեկտորը և ընդգրկում է պրոռեկտորներին, գիտական քարտուղարին, ռեկտորի օգնականներին և խորհրդատուներին, ֆակուլտետների դեկաններին ու գիտական և ուսումնական մասի ղեկավարին։ Ռեկտորատի նիստի օրակարգն ու դրա ժամանակ կայացած որոշումներն արձանագրվում են գիտական քարտուղարի կողմից և կենսագործվում ռեկտորի հրամաններով: